Kebun Raya Kuningan merupakan aspirasi seluruh masyarakat Kabupaten Kuningan dan diharapkan menjadi pendukung bagi fungsi Kabupaten Kuningan sebagai daerah penyangga pusat pengembangan wilayah Cirebon, pada lintasan jalan regional yang menghubungkan kota Cirebon dengan wilayah Priangan Timur dan sebagai jalan alternatif jalur tengah yang menghubungkan Bandung-Majalengka dengan Jawa Tengah yang memiliki perhatian tinggi terhadap pemanfaatan sumber daya alam dan lingkungan.

Kebun Raya Kuningan berperan sebagai “site’s window” dari Taman Nasional Gunung Ceremai, wisata alam untuk perlindungan, meminimalisasi dampak negatif degradasi sumber daya alam, pengembangan produk pariwisata yang berorientasi pada nilai edukasi, membentuk peran aktif masyarakat dalam memberikan nilai tambah terhadap pembangunan ekonomi wilayah. Dalam perkembangan selanjutnya area Kebun Raya Kuningan akan dibagi menjadi beberapa sub-zone diantaranya area konservasi untuk tumbuhan lokal, buah-buahan, area konservasi untuk tumbuhan koleksi Indonesia khususnya Jawa, area konservasi untuk tumbuhan koleksi dunia serta taman tematik (taman awi dan taman tumbuhan bebatuan).